Organisation des SAFER et leur fédération nationale
Société autonome de droit privé, chaque SAFER est dotée d'un conseil d'administration composée de représentants d'agriculteurs et des collectivités territoriales. A l'instar des administrations, elle accomplit des missions de services publics et d'intérêt général.
Un bureau d'études
L'ensemble des SAFER bénéficie de l'expertise de la Société central d'aménagement du foncier rural (SCAFR) dans la réalisation d'études statistiques ou pour fournir des prestations d'ordre fiscal et/ou juridique. Bien qu'il n'existe aucun lien de subordination, cette dernière structure reçoit des contributions financières sous forme de cotisation.
Un organisme fédérateur
La fédération nationale des sociétés d'aménagement du foncier et d'établissement rural (FN SAFER) regroupe tous les présidents de SAFER dans son conseil d'administration. Elle décide l'orientation générale lors d'un congrès qui se tient chaque année. La SCAFR est en fait son bureau d'études.