Espèces de la pédoflore: Algues, champignons, actinomycètes et bactéries
La pédoflore est constituée d'organes souterrains des plantes, dont les racines, les bulbes et les tubercules, et surtout d'une diversité d'organismes. En voici quelques uns.
Les algues
Elles se signalent à la surface du sol, au niveau des 2 ou 3 premiers centimètres. Certaines algues peuvent être autotrophes et ont besoin de recevoir un minimum d'éclairage pour la photosynthèse. D'autres sont hétérotrophes et vivent plus profondément dans le sol. La plupart des algues est entourée d'une couche mucilagineuse qui sert de refuge à plusieurs bactéries.
Les champignons
Suivant leurs tailles, on en trouve de supérieurs comme les ascomycètes et les basidiomycètes, et d'inférieurs dont les levures qu'on désigne souvent de moisissures. Les champignons sont hétérotrophes et le grand nombre de leurs populations dépend de la richesse du sol en matières organiques. Lorsque le sol est très riche en matières organiques, il peut y avoir entre 1 et 2 tonnes de champignons à l'hectare.
Ces espèces peuvent être des parasites redoutables pour certaines plantes, même si elles peuvent vivre en symbiose avec d'autres. Les champignons n'ont pas d'exigences particulières en ce qui concerne les conditions du milieu, même s'ils ont une certaine préférence pour les sols au pH acide.
Les actinomycètes
Ce sont des bactéries ramifiées qui ont l'aspect de moisissures. Ces microorganismes interviennent activement dans le processus d'humification en s'attaquant à la lignine. Ils ont aussi la possibilité de s'attaquer aux humus de manière à ce qu'ils libèrent l'azote qu'ils contiennent ainsi que les éléments échangeables qu'ils ont énormément absorbés. Les produits du métabolisme des actinomycètes sont à la base des odeurs qui se dégagent de la terre.
Les bactéries
Leur population dans le sol est difficile à évaluer. On estime toutefois qu'une tonne de matières organiques nécessite entre 100 et 200 kg de bactéries. Il existe des bactéries aérobies intervenant essentiellement dans les réactions d'oxydation des matières organiques, et des bactéries anaérobies qui réduisent plutôt ces réactions pendant les fermentations. On trouve aussi des bactéries hétérotrophes qui appartiennent à des catégories de bactéries saprophytes participant plus à la minéralisation de la nécromasse.
Des bactéries autotrophes sont en outre présentes dans la pédoflore et montrent de bonnes dispositions pour tirer leur énergie des substances minérales. Mais quelle que soit la nature des bactéries, elles se développent idéalement quand le pH est neutre, la température fraîche, l'humidité moyenne et en présence d'oligoéléments.